肥厚性心肌病和肥厚梗阻性心肌病的主要区别于肥厚的部位、肥厚的程度、是否有流出道的梗阻。
其中肥厚性心肌病，它的肥厚部位主要是在心室壁，室间隔的肥厚比较轻。而梗阻性的心肌病，它的肥厚部位主要在室间隔部位。再就是从肥厚程度看，肥厚性的心肌病可能相对轻一些，而肥厚梗阻性的心肌病肥厚的程度更严重。
从流出道是否通畅来看，肥厚性的心肌病流出道是通畅的，没有流出道的梗阻。而肥厚梗阻性的心肌病有流出道的梗阻，因此，它的心脏射血阻力更大，更容易发生危险。特别是在猝死的患者，多数是发生在肥厚梗阻性的心肌病。
通过心脏彩超检查结合上述三个方面，就可以判断是肥厚性心肌病，还是肥厚梗阻性的心肌病。