甲状腺囊性结节绝大多数是良性的，对于良性结节的治疗，可以选择定期复查甲状腺超声。
也可以在中医师的指导之下，根据不同患者的具体情况，辨证论治，应用一些中药来治疗。常用的治疗甲状腺囊性结节的中成药有平消胶囊、小金丸、内消瘰疬丸等。也可以在中医师的指导之下，应用一些汤药来配合治疗。
除了药物治疗之外，如果良性结节比较大，出现了患者的压迫症状，比如吞咽困难、呼吸困难、声音嘶哑等。即使是良性结节，也是可以选择手术治疗的。