矮小症按病因进行分类，可以分为正常生长变异和病理性身材矮小两类。
正常生长变异类型的矮小症，主要包括家族性矮小症、特发性身材矮小或者体质性生长延迟等。病理性矮小症主要包括营养不良、胃肠道疾病、性早熟，以及生长激素缺乏、脑垂体瘤等。
矮小症按症状分类，临床上有分为身材不相称的矮小症，主要表现为四肢与躯干不成比例的矮小，通常会表现为四肢以及躯干比较短，头部以及身体的比例比较大。其次，分为身材相称的矮小症，矮小的身材比例同正常人群相似，成正比例的变小。