对于肾脓肿病因主要有两种类型：一是顺行血行感染；二是逆行泌尿系感染。因为如果患者本身免疫能力和抵抗能力低下，比如患有糖尿病、结核以及艾滋病等免疫系统低下性疾病，那么如果表面皮肤存在破溃，外界细菌通过血行感染运行到肾皮质，那么会感染肾脏，导致肾皮质出现脓肿。
如果患者存在泌尿系感染或者由于结石导致泌尿系梗阻，那么肾盂内尿液引流不畅也会导致肾盂肾炎。也就是会发生肾盂肾炎的感染或者肾皮质的感染，无论是顺行还是逆行，只要是感染因素都有可能导致肾脓肿。因此，必须去泌尿外科进行就诊治疗。