在临床上治疗粪类圆线虫病主要是应用驱虫药物进行治疗。
一般首选的药物是广谱驱虫药噻苯咪唑，这是目前对治疗粪类圆线虫病效果最好的药物，治愈率一般能高达95%以上，丙硫咪唑的治愈率也能高达90%以上，另外还可以用左旋咪唑进行治疗，也是有效果的。
还应该积极的对患者给予支持治疗，如果患者出现粪类圆线虫病，严重的情况会导致水肿、贫血、营养不良，此时应该给予输血治疗以及补液，目的是为了纠正电解质紊乱、呼吸衰竭，防止休克。应该注意的是在驱虫前，不能使用免疫抑制剂，避免感染扩散以及自身感染。