早期判断肛窦炎，主要根据肛窦炎的临床症状。
肛窦炎的临床症状是表现为肛门坠胀、坠痛，间歇性烧灼样疼痛或刺痛，有时肛门呈持续性疼痛。疼痛可累及臀部及大腿内侧、小腹坠痛等症状。时常总觉得大便有排不尽感，便意频繁，粪便中混有少量黏液或鲜血，有时会出现肛门潮湿瘙痒。
肛管内肛窦和肛瓣发生炎症时，称为肛窦炎，因肛窦开口向上，容易积存或被分泌物堵塞而引起感染，感染不容易控制而形成慢性炎症。