肛拭子检查的主要目的是提高新冠病毒诊断的阳性率。
经临床实践，新冠病毒核酸检查阳性率较低，部分患者经多次新冠病毒核酸检查才可以明确诊断，其原因一方面与发病不典型有关，另一方面与采样误差有关。新冠病毒检查最常用的检测手段为咽拭子检查，但如果采样不能达到有效位置，可能会导致检测失败，尤其对于婴幼儿。肛拭子检查可提高采样准确性。
其次，部分新冠病毒感染患者，上呼吸道感染症状不典型，但存在肠道症状，在这种情况下，肛拭子检查准确性大于咽拭子。