宫颈囊肿的形成有的是生理性的，有的是因为慢性炎症而引起的。
女性的宫颈有两种细胞，分别是鳞状细胞与柱状细胞，它们的分布范围不同，但是有时会发生相互移位。
其中柱状细胞可以分泌粘液，如果宫颈在受到激素水平的影响或者创伤后，鳞状细胞就会转移到柱状上皮的部位，这时液体排出的通路被堵塞了，所以就形成了一个个透明的小囊肿，这种小囊肿就叫做宫颈囊肿。它对女性的身体是没有任何影响的，一般也不需要特殊的处理。