灰指甲一个治疗疗程多在10个月，比较严重的灰指甲需要2~3个疗程。
灰指甲的治疗分为外用和口服治疗，一般情况下外用药物的有效率多在30%左右，而口服抗真菌药物治疗的有效率多在70%左右。口服抗真菌治疗需要排除肝肾功能异常的情况，另外在口服抗真菌药物治疗前后建议定期复查肝肾功能，提高治疗的安全性。
如果只有一个指甲是灰指甲治疗时间相对其它程度灰指甲要短，多在一个疗程。如果大于3个部位的灰指甲，尤其是手足均有灰指甲，治疗周期多在2~3个疗程。发现灰指甲应及时尽早治疗，越早治疗，治疗时间越短。