黄色肉芽肿性肾盂肾炎会出现肾实质的损伤，肾脏内还有肉芽肿性的脓肿，所以这种疾病本身来说还是一种慢性肾盂肾炎造成的严重后果，需要使用抗生素进行杀菌治疗。但是由于肉芽肿已经形成，有的时候抗生素治疗的效果并不好，如果该侧肾脏功能已经损伤贻尽，在这种情况下可能就需要外科手术切除患者的肾脏。治疗以后，那么患者预后就会好转，但是手术切除也存在着一定的病变蔓延的风险，以及造成患者有一半的肾脏功能丢失的情况。所以，要根据患者的病情情况，选择保守治疗也是值得进一步的研究。