核磁共振检查可以检查胃肠道。但是应用的比较少，因为核磁共振的成像比较容易受到胃肠道的蠕动影响，产生各种伪影，影响诊断。
目前核磁共振应用于肠胃的检查，主要是用来判断各种占位性病变的临床分期。比如它可以看到病灶，对胃壁或者是肠壁，以及周围组织的浸润情况，也可以看到腹腔的淋巴结是否有肿大，用来指导临床分期。
如果患者有胃肠道的疾病，那么一般优先选择胃镜或者是肠镜进行检查。因为它对黏膜的病变显示的更加清晰，如果不能做腔镜，也可以选择胃肠道的钡餐透视进行检查。