婴幼儿腹泻如果是病毒感染引起，需要在医生的指导下服用缓解腹泻症状的药物，比如肠道益生菌类药物、保护肠黏膜的药物等进行治疗。病毒性腹泻多为自限性疾病，如果能够及时纠正婴幼儿的脱水现象，经过一段时间治疗，腹泻症状就会明显好转。
如果婴幼儿腹泻是细菌感染引起的，要根据医生的嘱咐合理使用抗生素，同时进行补液和对症治疗，避免感染继续加重。如果婴幼儿腹泻是乳糖不耐受导致的，需要更换无乳糖奶粉，宝宝腹泻症状好转以后再逐渐适应正常的奶粉或普通的奶粉。
如果是因为食物过敏引起的腹泻，可以改成适度水解蛋白奶粉、深度水解蛋白奶粉、氨基酸奶粉，这些特殊配方奶粉，以后再逐渐过渡为普通的配方奶粉，避免再食用导致过敏的食物。