系膜增生性肾小球肾炎的患者应该在去除诱因的基础上，防止患者感染。同时还需要对患者的临床症状进行针对性治疗，例如有上呼吸道感染的患者，要及时使用抗生素进行治疗。
有水肿的患者要及时使用利尿剂消水肿，同时患者如果有血尿或者蛋白尿时，可使用血管紧张素转换酶抑制剂、血管紧张素II受体阻断剂等药物治疗。
如果患者的临床症状较为严重，例如患者出现大量的蛋白尿，可使用糖皮质激素进行治疗。某些初期治疗的患者也可使用糖皮质激素进行治疗，建议使用泼尼松。
如果患者病情反复发作，可酌情联合使用免疫抑制剂进行治疗，比如环孢素、他克莫司等。