当进行尿常规中显微镜检查时，发现小圆上细胞增高，原因可以包括以下几种：
1.肾小管疾病。如急性过敏性间质性肾炎、慢性间质性肾炎、急性肾小管坏死，以及各种原因导致的肾缺血损伤等，会使小管的上皮细胞脱落于尿液中，而出现小圆上皮细胞，有时会出现上皮细胞的管型。
2.当泌尿系感染发生时，小圆上皮细胞也会随着尿液排出体外，在尿液中出现小圆上皮细胞增高的情况。往往会伴随明显的尿路刺激征、腰疼及尿检等其他异常，需要进行消炎治疗后小圆上皮细胞会完全恢复正常。