肚子经常莫名其妙疼可能与消化道疾病有关，比如胃溃疡，会导致就餐后出现肚子疼痛的症状。当存在十二指肠溃疡时，通常在夜间会出现上腹部疼痛。如果存在慢性阑尾炎，可能会导致右下腹部反复出现隐痛，急性发作时会导致剧烈腹疼。
肚子经常莫名其妙疼还有可能与泌尿系统疾病有关，比如输尿管结石，由于结石会对输尿管造成刺激，就会导致腹部、腰部出现莫名其妙的疼痛。疼痛可能会比较剧烈，还伴有血尿、尿频等症状。
如果是女性经常出现肚子疼，可能是妇科疾病引起，比如卵巢囊肿、子宫肌瘤等。