心脏神经官能症的发病原因目前并没有完全清楚，考虑与以下因素有关系：
一、患者长期受到外界环境的不良刺激、长期压力过大、精神紧张等，导致患者不能适应这些情况，引起适应不良。
二、患者本身缺乏对心血管疾病的认识，对一些疑似的症状产生过度的反应，导致焦虑的情绪。
三、有些患者心脏神经官能症的发病，还跟神经和内分泌功能的失调有重要的关系，患者常常交感神经紧张性增高、迷走神经紧张性下降，导致自主神经功能失调。
四、有些心脏神经官能症的发生，还跟遗传和性格因素有一定的关系。