小儿口糜可以使用抗生素以及抗真菌药物来治疗，常用的抗生素主要是制霉素，制霉素具有杀菌和抑菌的作用，可根据患儿的不同病情程度，来选择每天外用涂抹的次数。
常用的抗真菌药物主要是氟康唑、酮康唑，氟康唑、酮康唑可以直接杀死白色念珠菌，治疗效果比较好。小儿口糜主要是由白色念珠菌感染所引起的黏粘膜疾病，一旦发病后，需要及早进行治疗。
如果治疗不及时，白色念珠菌就会发生扩散，波及咽、气管、食道、肺等部位，严重的甚至会导致白色念珠菌败血症，这对患儿的身体健康危害是很大的。