要想根治灰指甲，一般是使用一些抗真菌的口服药物治疗。因为灰指甲产生是因为甲板产生真菌感染，得到一定的损毁现象，所以通过口服抗真菌药物达到完全的根除效果。可以口服伊曲康唑或者口服一定的特比萘芬，也可以根据情况口服灰黄霉素。
如果产生灰指甲只是甲板的边缘地区出现一定的损坏，可以外涂药膏治疗或者通过手术的办法治疗，比如可以外涂阿莫罗芬搽剂等。
在治疗之后，还要注意局部的抗真菌外用药物治疗，可以维持一段时间，防止形成真菌感染复发。