对于脑脓肿后头痛的治疗，选择抗感染、降低颅内压力及手术摘除脓肿等多种方案来治疗。细菌、病毒及各种致病菌通过各种途径进入脑部后，如果致病菌毒力较强且机体免疫力较弱，致病菌在脑内生长破坏脑组织从而导致脑内形成脓肿腔。脓液的直接刺激、脑组织的水肿以及致病菌代谢物质的刺激，都会引起头痛现象的出现，治疗上需要综合多种方案来治疗，包括：
第一，积极选择针对致病菌有效的药物，或根据药物敏感试验结果选择合适的抗生素，足量、足疗程使用来杀灭致病菌，缓解头痛。
第二，炎症刺激脑组织出现水肿，可以选择脱水利尿剂等降低脑组织的压力，从而减轻头痛、脑脓肿及周围水肿引起的颅内占位效应导致的头痛，也可考虑手术切除脑脓肿缓解头痛。
第三，脑脓肿炎性刺激导致头痛时，可以配合使用止痛药物，增加治疗的效果。