卵巢囊肿需要和以下的疾病鉴别：
1.巧克力囊肿，也就是子宫内膜异位症。
2.畸胎瘤。
3.卵巢瘤样病变。一般属于黄体囊肿或者滤泡囊肿，这种情况一般在2个月内会自行消失。
4.输卵管卵巢囊肿。一般是由于炎症引起的输卵管积水，或者炎症性囊肿。
5.卵巢癌变。一般卵巢癌彩超检查囊肿为囊实性，或者实性囊肿，就高度怀疑卵巢癌变，需要进一步做肿瘤标记物检查确诊。
6.多发性子宫肌瘤。双合诊的时候有可能与卵巢囊肿相混淆。
7.妊娠前3个月的子宫。因为怀孕以后宫颈柔软，容易与卵巢囊肿混淆。