儿童患有鼻咽癌的原因，与自身受到了EB病毒感染以及遗传因素等存在相关联系。
由于儿童的免疫功能还未发育完全，当这类人群受到了EB病毒等感染的情况下，其鼻咽部的细胞出现变异的几率会大大增加，进而有可能会引发出现鼻咽癌。同时，如果儿童长期进食烟熏、烧烤类以及发霉变质类的食物的情况下，会由于这类食物中存在的有毒物质对患者的鼻咽部的不良影响，而引发患者出现鼻咽癌。
另外，如果儿童的近亲家属中有出现鼻咽癌患者的情况下，儿童出现鼻咽癌的几率也会大大增加。