食管囊肿所产生的临床症状与囊肿的大小与位置有着密切的关系。在早期的时候食管囊肿很小，对局部没有产生压迫，患者是没有明确的临床症状。
部分患者有胸骨后的不适以及反酸恶心等不适症状，随着囊肿的增大，就会出现压迫症状。当压迫到呼吸道的时候，患者会出现呼吸困难、喘息以及反复发作的下呼吸道感染。
如果囊肿有破裂，穿破到气管或者支气管就会引起支气管扩张或者肺脓肿。如果食管囊肿向食管腔内发展，患者就会出现吞咽困难，随囊肿增大症状进行性加重。