角膜移植手术后的副作用，最常见的就是排斥反应。
角膜的排异反应发生率较低，临床表现为结膜充血、角膜移植片水肿、角膜后沉着物等，影响角膜存活。这种情况通过使用糖皮质激素，以及口服免疫抑制剂治疗。另外，角膜移植手术还可能导致患者获得传染病。
由于手术缝线等可以影响角膜的曲率，因此角膜移植片存活后，可能会出现明显的屈光不正，但这种情况可以通过佩戴框架眼镜进行矫正。平时就应该注意休息，减少近距离的操作，避免视疲劳的发生。