出现软骨母细胞瘤的患者需要通过手术切除体内出现的肿瘤，在临床医学上并没有特殊的药物，能够根治患有软骨母细胞瘤的患者。
大部分患有软骨母细胞瘤的患者，会进行病灶的刮除手术或者射频消融手术来达到治愈的目的，这两种手术都是目前为止最常用的治疗这种疾病的方法。部分患者需要在手术中辅助局部灌洗，以及冷冻治疗来降低患者在手术后的复发几率。
如果疾病还涉及患者的关节部位，可能需要在医生的指导下进行关节置换的手术，这种情况下患者在手术之后出现并发症的几率比较高。