先天性肛门闭锁发生的原因有以下几个方面：
第一，遗传因素，目前国内外所有专家学者研究后，认为遗传因素是先天性肛门闭锁发病的首要因素，可能与父母或者祖父母一辈发生过此病有关。
第二，胚胎发育异常、畸形，胚胎在发育过程中，大约4周~8周的这段时间，胚胎的尿生殖膈在逐渐向生殖腔的移行过程中，受到了阻拦，从而导致胚胎发育成型后肛门闭锁，也会引起先天性肛门闭锁。
第三，母体受到污染，母体在孕期9周左右受到了放射性物质等环境污染，胚胎发育中细胞发生了基因突变，导致出现了肛门闭锁，又或者被病毒、细菌等感染，病原体经过胎盘进入胎儿体内，引起胎儿发育异常，直肠无法通过骨盆膈膜或肛门膈膜，从而出现先天性肛门闭锁的情况。