新生儿肠道梗阻，先要完善腹部立位平片，检查引起梗阻的原因，再疏通梗阻。
如果明确是因为胎粪引起的肠梗阻，可表现为腹部隆起、便秘，腹部平片可见肠内充气、有粪便结块阴影。这种情况可以给予经胃管注入胰酶促进胎便软化，有利于粪便排出，解除梗阻。如果不能缓解，可以通过外科手术，行回肠末端造瘘手术。
如果是先天性巨结肠、肠道旋转不良等先天性疾病引起，大多数需要做手术处理。将肠管切除吻合，再做肠道造瘘手术，解除肠梗阻。