单纯性疱疹需要抗病毒治疗。如果病情较轻，仅出现小范围的红斑、水泡，可以单独使用外用药物治疗，如外涂阿昔洛韦乳膏，同时外用炉甘石洗剂。如果水泡破溃，可以外涂夫西地酸乳膏等预防感染。
如果病情较重，累及的范围较大，可以口服抗病毒药物如伐昔洛韦片、阿昔洛韦等。单纯疱疹的患者通常机体免疫力下降，因此可以配合使用提高免疫力的药物，如口服匹多莫德、注射胸腺五肽等。
此外，单纯疱疹的病情容易反反复复，如果是频繁复发，可以长期低剂量地口服抗病毒药物。