感染尼帕病毒可以导致嗅觉丧失，但并不是所有患者均会出现。
尼帕病毒感染对于呼吸道，以及脑组织具有较强的侵袭效果。如果尼帕病毒直接侵袭鼻腔黏膜，可以导致局部软组织水肿以及损伤，从而导致位于鼻腔黏膜上的嗅觉感受器短时间损伤，导致嗅觉失灵。此类情况，嗅觉可随感染痊愈，逐渐恢复。
如果尼帕病毒感染，导致广泛性脑炎症状，在嗅觉中枢受脑炎影响下，可出现嗅觉丧失情况。此类情况，大多合并不可逆性改变，一般不能完全恢复。