小头畸形可能为遗传因素所引起，主要与早期的大脑发育有关，在胎儿脑部发育过程当中，出现了相关的基因缺陷，就可引起小头畸形。
如果女性在怀孕期间经常喝酒、吸烟，以及接触一些放射性物质和化学物品，可能会导致胎儿的头部发育出现异常，就可导致小头畸形。如果新生儿的大脑受到了严重的损伤，或者出现了脑出血的情况，也容易引起小头畸形。此外，小头畸形还可能为寄生虫感染、病毒感染、营养不良、药物因素所引起。
因此，女性在怀孕期间应禁忌烟酒，合理膳食，在新生儿出生后也要加强护理，避免出现小头畸形。