患有卵巢巧克力囊肿的患者，平时需要注意遵医嘱定期B超复查，观察囊肿变化情况。
如果囊肿比较小，小于5厘米以下，一般采取药物治疗。平时月经期间，需要注意做好外阴和阴道清洁卫生，同时需要忌房事，避免引起经血倒流，引起子宫内膜异位等现象。
如果囊肿逐渐长大，超过5厘米以上，在月经期间需要注意尽量避免剧烈运动和增加腹压的运动，避免引起囊肿破裂，出现急腹症等。
如果囊肿引起内分泌失调，导致月经量过多，或者经期延长等现象，需要配合医生尽早手术治疗。