妊娠疱疹会影响胎儿。多数原发性生殖器疱疹，在妊娠的早期并不会引起流产或死胎发生率升高，但在妊娠晚期可导致早产发生，但是严重的宫内感染病例罕见。
新生儿感染者，部分感染局限在眼部或者口腔，发生脑炎等中枢神经系统疾病，还有的出现伴有多个重要脏器衰竭的播散性疾病，幸存者出现严重发育障碍和中枢神经系统后遗症。
生殖器疱疹妊娠导致新生儿受累者，大部分通过感染的产道引起胎儿感染，少量的为产后感染或宫内感染，后者主要经过胎盘或生殖道上行感染所致。一旦确诊生殖器疱疹，需要及时治疗。