对于长期腹泻，可以通过口服蒙脱石散等止泻的药物缓解，但最重要的是对病因进行治疗。
能引起长期腹泻的病因，以肠易激综合征、溃疡性结肠炎、克罗恩病、结肠息肉，以及肠道恶性肿瘤等疾病最为常见。出现长期腹泻时，应及时到医院行腹部CT或结肠镜等检查，以明确病因。
由肠易激综合征引起的长期腹泻，除止泻治疗外，可以给予调节肠道菌群的药物治疗；由溃疡性结肠炎引起的长期腹泻，可以通过口服美沙拉嗪、糖皮质激素等药物治疗；肠道肿瘤引起的长期腹泻，则需根据病情，选择手术或放化疗治疗。