三个月宝宝咳嗽通常和生理性原因、呼吸系统感染、呼吸道过敏等有关，疾病原因造成的可以遵医嘱用药治疗。
如果三个月宝宝咳嗽是机体产生的保护性反射，主要是为了咳出异物或清洁气道，是生理性的反应，不需要特殊治疗。
如果是细菌或病毒引起呼吸道感染，容易使孩子出现咳嗽。如果是细菌造成的，可遵医嘱使用阿莫西林、红霉素等药物治疗。如果是病毒引起的，情况不严重时，一般可自愈。如果有症状，通常可用利巴韦林、蛇胆川贝液等药物治疗。
如果是因过敏因素导致呼吸道过敏，会产生刺激反应引起咳嗽，可遵医嘱使用抗过敏药物治疗，常用药物有氯雷他定、西替利嗪等。