治疗肾损害时的处理与流行性出血热相同。一般钩体病相关的肾病多发生在病程的第四天。所以一旦怀疑钩体病就应立即首选青霉素G，越早应用效果越好，该药对钩体有迅速杀灭作用。
青霉素首次剂量宜小，以后再加大剂量。对青霉素过敏者可用多西环素，尽量不用对肝肾功能有损害的药物如四环素、庆大霉素等。治疗钩体病相关性急性肾功能衰竭，具有改善肾小球滤过率、降低血清肌酐、增加尿量等疗效。
对伴有肝肾功能不良的重症钩体病患者，通过上述治疗方案也可明显降低病死率。