早起喉咙有痰可能与下呼吸道感染有关。比如支气管炎或者肺炎，由于痰液所处的部位比较深，加上夜间排痰能力降低，咳嗽反射减弱。而早上起床痰液也会在体内发生涌动，使气道受到刺激，便容易引起咳嗽、喉咙有痰的表现。
另外，这种情况也多见于慢性咽喉炎，同时还有可能伴随早上刷牙时恶心、干呕等现象。痰液也有可能是鼻窦或鼻腔当中的分泌物，如果没有及时从鼻孔排出，可能会流向咽部，进而使咽部黏膜受到刺激，导致早上起床喉咙有痰的症状。
除此之外，还有一些患者可能会受到有害气体或者粉尘的刺激，导致早起喉咙有痰。