急性肾盂肾炎有并发症，比较常见的有三种。
一种是导致肾周脓肿，在致病菌量大、个体自身免疫差、治疗不及时等情况下容易导致肾周脓肿并发症。另一种常见并发症是中毒性休克，这属于严重并发症，个体本身存在糖尿病等基础疾病的患者，导致该类并发症的概率较大。还有一种常见并发症是肾乳头坏死，伴随尿路梗阻或者是同时患有糖尿病的个体，容易导致该类并发症。
为了防止疾病的并发症，急性肾盂肾炎明确诊断后，必须配合临床医嘱规范用药。