贲门失弛缓症有可能会影响胃功能紊乱。
患有贲门失弛缓症后，有可能会导致食物不能够顺利地进入到胃内，而潴留在食管下段，就有可能会导致反流现象。对胃黏膜造成损伤，引起胃功能出现紊乱现象，甚至还可能会并发炎症或者是溃疡。
另外，贲门失弛缓症的患者，还可能会出现吸入性呼吸道感染，所出现的症状会经常性地反复发作，也会对胃黏膜造成刺激而损伤。甚至，有一些患有胃黏膜的患者，会导致食物对局部黏膜造成损伤。
如果病情长时间反复发作，迁延不愈，还有可能会形成癌变。