大便肛门疼痛最常见的原因就是肛裂，是由于肛管皮肤开裂所引发，大多会伴有便秘以及大便干燥的症状。
患者需要通过改善饮食以及使用润肠通便的药物，防止便秘以及大便干燥，局部可以使用痔疮膏或者痔疮栓促使肛裂裂口愈合。
另外，也有可能是痔疮急性发作或者肛门周围感染性的疾病，比如肛周脓肿、肛周疖肿、肛窦炎等。但这些原因所导致的肛门疼痛，即使不大便也会伴有明显的疼痛症状。还有可能是肛门周围皮肤疾病，例如慢性湿疹的患者会导致肛周皲裂形成，也会引发大便时肛门疼痛症状。