肛门长肉球需要根据具体肉球性质进行用药治疗，吃药只是对少数肉球有效，大多数肉球需要配合外用药物治疗，有的需要手术治疗。
肛门长肉球常见于外痔，如果外痔出现了炎症，可以口服消炎药物，如头孢类药物，配合外用红霉素软膏，进行肛门熏洗坐浴，炎症消退，肉球会消失。如果肛门肉球为内痔脱出，脱出内痔有时会还纳肛门内，有时难以还纳肛门内，可口服改善肛周血液循环的药物，地奥司明片或迈之灵，配合外用痔疮栓和痔疮膏，用中草药进行肛门熏洗坐浴，经过治疗，有的脱出内痔可以还纳肛门内，有的出现了嵌顿，需要进行手术治疗。
肛门长肉球还可能是肛乳头肥大和直肠息肉脱出，吃药不起作用，需要手术切除。