上火嘴边起小水疱主要是唇疱疹，需要在医生的指导下应用抗病毒药物治疗。局部用药可以涂抹3%阿昔洛韦乳膏或酞丁安软膏，也可以局部用氯己定液或者硫酸锌液湿敷，要保持局部清洁卫生，避免辛辣刺激食物的刺激。
全身也可以在医生的指导下应用抗病毒药物，比如阿昔洛韦、病毒唑片等。
如果嘴边小水疱疼痛比较剧烈，也可以局部涂抹麻醉剂来对症治疗。同时，对于上火嘴边起小水疱的唇疱疹，也可以应用中医中药治疗。