怀孕40天，可以做B超检查。尤其是平时女性月经周期比较规律，在怀孕40天的时候做B超检查，可以看到妊娠囊在宫腔内情况，然后排除宫外孕。
一般在怀孕40天的时候，可以做经腹B超及阴道B超，做经腹壁B超时需要憋好尿。但是，经腹B超没有阴道B超检查出妊娠囊的时间早。在怀孕早期时需要定期做B超检查妊娠囊的位置，这样可以及早发现是否有宫外孕情况，及早处理。
在怀孕40天的时候做B超进行检查，在宫腔内只能够看见妊娠囊存在，而目前所怀孕的时间比较短，对于卵黄囊、胎心、胎芽还没有发育。