流行性角膜结膜炎具有较强的传染性，应结合具体病症给予必要的治疗和消毒措施。发病初期应给予足够的抗病毒性药物，例如更昔洛韦、阿昔洛韦，及时控制病情。
必要时给予抗生素治疗，在患病初期也可以通过局部冷敷的方式来减轻病症。后期可针对分泌物或刮片病理检测，给予敏感性更高的抗生素治疗，还可以联合缓解眼红、眼痒、眼痛的对症药物治疗。
除此之外，还应注意个人卫生减少传播的可能，例如个人所接触器械的消毒、生活用品的杀菌等。