前列腺囊肿分为，先天性发育异常和后天性疾病影响两方面的因素。先天性的前列腺囊肿一般是胚胎期时，前列腺腺体发育异常，腺管狭窄，容易被堵塞，分泌物潴留，形成囊肿。
或者是发育异常造成腺管管腔直接扩张形成囊肿。后天性的前列腺囊肿常见病因为前列腺组织增生，腺泡、腺管受挤压出现梗阻，腺泡上皮逐渐增厚，形成囊肿。
还可见于长期的慢性炎症刺激，导致前列腺结缔组织生成，腺管狭窄，分泌物聚集形成囊肿。比较少见的是寄生虫性囊肿，寄生虫感染侵犯前列腺，肉芽组织增生，逐渐成为囊肿。