小儿脂肪吸收不良的治疗方面，应该根据病因进行治疗，如果因为胰腺功能不足，可以使用胰蛋白酶、胰脂肪酶等。
对于乳糜泻需要限制进食麦类食物，对于牛奶或豆蛋白过敏的宝宝，则需停用相应的食物。对于先天胆道闭锁的孩子，需要进行手术治疗。另外，还需要注意给孩子补充高热量、高蛋白、低脂肪饮食。
另外，小儿脂肪吸收不良是跟胆汁分泌减少，还有一些胰腺、肠道、代谢等疾病有关。孩子会表现为食欲不振、发育落后、体重减轻、消瘦，还有精神不振、腹泻、腹胀、水肿等等。