在临床上治疗本病的首要任务，就是针对原发疾病进行有效的治疗。
因为患者的多种基础疾病，是多器官功能不全综合征最主要诱因，只有把启动因子的作用降低，将基础疾病控制住，治疗的效果才有所提高，比如如果患者是由于外伤所引起的，就要及时的对受伤部位进行包扎固定和消毒处理。
另外，也要积极纠正患者的缺氧情况，使氧代谢得到改善，并且要积极的调理患者的营养代谢，对肠道内给予营养支持治疗，对疾病的恢复有一定的作用，同时要加强对患者身体的免疫能力的调节。