病毒性脑炎会并发为散发性脑炎，或者伴发精神障碍性疾病。病毒性脑炎还会并发症导致支气管炎。支气管肺炎这一类的疾病。如果病情严重的时候，在咳嗽或者是吞咽反射消失的时候。会容易导致肺炎。
这些情况，多数出现在婴幼儿。在病毒性脑炎期间还容易发生口腔溃疡、口腔感染这一类的疾病的发生，不注意口腔卫生不进行口腔护理的情况下就会容易导致炎症感染。在这期间治疗应该以局部治疗为主。可以局部用消炎的药物控制病情的发展，如果感觉症状比较严重的时候。可以采取全身治疗的方式。控制病情严重的患者还会伴随有金黄色葡萄球菌感染所致败血症，或者是肠炎这一类的疾病的发生。