上颌窦囊肿是有可能会导致头疼的现象出现的，尤其是当患者的上颌窦囊肿的体积。如果本身比较大或者是在有一定程度的增大以后，就会对上颌窦的窦口以及鼻腔造成堵塞，影响患侧鼻腔的正常呼吸。
鼻道的呼吸受到异常影响后，进入脑部的氧气量就会减少。大脑一旦缺氧就会有明显的头晕、头痛等症状出现，严重的患者还有可能会出现恶心、呕吐等表现。
所以针对此类上颌窦囊肿，尤其是经常性引发头疼症状的上颌窦囊肿，建议通过手术切除的方式进行治疗。