做促排治疗一般不会导致胎儿畸形。促排治疗一般用于排卵障碍导致的不孕不育的患者，有可能会导致双胞胎或者多胞胎的产生，而多胞胎和双胞胎的产生容易增加胎儿畸形的风险。
促排药物还可能会导致卵泡过度刺激综合症，严重者甚至危及生命，或者导致月经不调等症状。
所以使用促排的药物，一定要在医生的指导和密切观察下使用。促排成功怀孕后一定要根据具体情况，给于对应的保胎治疗，并且在备孕的同时开始口服叶酸直至怀孕的第12-14周左右，以预防胎儿神经管畸形的缺陷。