牙根囊肿不进行治疗是会严重。
牙根囊肿会对周围的组织造成迫害，不但会导致牙龈炎、牙周炎的发生，而且还会引发龋齿、牙根移位、牙根吸收以及颌骨骨髓炎，对牙齿正常的咀嚼功能也会造成影响，因此一旦患有牙根囊肿应及早进行治疗。
牙根囊肿如果比较小，一般通过根管治疗即可消除。但是如果囊肿比较大，仅仅通过根管治疗是无法治愈的，需要通过手术来治疗。如果牙根囊肿已经发生了感染并存在炎症，还需使用抗生素来进行治疗。