甲状舌管囊肿术后是容易复发的，但是随着医疗技术的提高，复发率也越来越低。
甲状舌管囊肿术后复发，主要是由于舌骨和瘘口周围的感染组织没有切除干净，或者切除的部位不准确导致的，目前可利用术中美蓝示踪来尽量切净甲状舌管小的分支，或瘘管并对舌骨进行足范围的切除，有助于预防甲状舌管囊肿术后复发的情况发生。
另外，对于术前已经发生感染的患者，首先应针对感染来进行治疗，在感染消除的2个月左右才可以进行手术切除，也有助于避免复发的情况发生。